ניהול תקציב במערכת קיטרון ERP&MES מאפשר לנהל באופן מבוקר את הוצאות הארגון ע"י מודול ניהול תקציבים המשולב בכל פעילות בארגון החל מרכש, לוגיסטיקה, כספים, מלאי וכדומה 

מערכת קיטרון ERP&MES תומכת בניהול עצי תקציב ובמעקב אחר ניצול התקציבים לפי שיוך הוצאות הארגון לסעיפי התקציב. צורת עבודה מערכת קיטרון ERP&MES מאפשרת למנהלי הארגון ומנהלי הכספים של הארגון לבנות מראש עצי תקציב לכל השנה (עצים רבעוניים / חצי שנתיים וכדומה), לקבוע תאריך לכל תקציב, להשתמש בתקציבים בהתאם לתאריך שנקבע, וכך לעקוב בקלות אחר הוצאות בפועל מול התחזית, ולנתח חריגות תקופתיות מהתקציב.